Nakşibendî tarikatı, kökeni Türkistan olan Hacegan silsilesinden aktarılmıştır. Hacegan’ın en tanınmış Şeyh’leri Kazakistan’dan Sayram’ın yerlisi Hoca Ahmed Yesevi (r.a.) (ö. M.S. 1167 civarı), ve Buhara’dan Hoca Abdülhalik Gücdivani’dir (r.a.) (ö. 1179). Abdülhalik Gücdevani, günümüzde Nakşibendî tarikatında hala kullanılan terimleri teknik ve manevi anlamlarla bağdaştırma işini üstlenmiştir. Kendisi aynı zamanda tarikatın öğretilerini içinde yaşadığı çağın insanlarına ulaşılabilir ve gerekli hale getirmiştir.
Nakşibendî tarikatı adını, Sufizm’e ilişkin manevi öğretileri ve uygulamaları içinde yaşadığı değişken zamanda daha uygulanabilir kılma geleneğini devam ettirmiş olan önde gelen Sufi Şeyh’i Hoca Bahaeddin Nakşibend Buhari’den (r.a.) (ö. M.S. 1389) almıştır. Hoca Bahaeddin Nakşibend, Amir Kulal’in önce öğrencisi, sonra da halifesi (halef) olmuştur. Bununla birlikte, Bahaeddin Nakşibend kendisine sessiz zikir uygulamasını veren Hoca Abdülhalik Gücdevani’nin ruhaniyetinden (manevi varlığından) yönerge almıştır.
Nakşibendî tarikatı, silsilesi ilk halife Ebu Bekir es-Sıddık (r.a.) yoluyla Hazreti Muhammed’e (s.a.v.) dayanan tek Sufi tarikatı olarak bilinmektedir. Diğer bütün sufi tarikatlarının silsileleri, İslam’ın dördüncü halifesi olan Ali İbni Ebu-Talib’e (r.a.) dayanmaktadır.
