Bractwo Nakszbandi wywodzi się z silsili Hodżagan, który pierwotnie rozwinął się w Turkiestanie. Najbardziej znanymi szajchami Hodżaganu byli Hodża Ahmed Jasawi (r.a.) (zm. około 1167 r. p.e.), pochodzący z Sayram w Kazachstanie i Hodża ‘Abdul al-Haliq Ghudżdawani z Buchary (r.a.) (zm. 1179). Ten ostatni był odpowiedzialny za ukucie pewnych terminów o znaczeniu technicznym i duchowym, które do dziś są aktywnie używane w tarice Nakszbandi. Uczynił także nauki zakonu dostępnymi i istotnymi dla ludzi swojej epoki.

Tarika Nakszbandi bierze swoją nazwę od Hodży Baha’uddina Nakszband Buchariego (r.a.) (zm. 1389 n.e.), bardzo wybitnego sufickiego szajcha, który kontynuował tradycję rozwoju duchowych nauk i praktyk sufizmu bardziej odpowiednimi do zmieniających się czasów, w których żył. Hodżaa Baha’uddin Nakszband był uczniem, a później chalifą (następcą) Amira Kulala. Jednak otrzymał również instrukcje od ruhaniya (lub istoty duchowej) Hodży Abdula Halika Gudżdawaniego, który dał Baha’uddinowi Nakszband praktykę cichego zikru.

Tarika Nakszbandi wyróżnia się tym, że jest jedyną suficką tariką, która wywodzi się od Proroka Muhammada (pokój z nim) poprzez Abu Bakra as-Siddika (r.a.), pierwszego kalifa. Wszyscy inni sufickie tariki wywodzą swoje rodowód poprzez Alego ibn Abu-Taliba (r.a.), który stał się czwartym kalifem islamu.