L’ordre (tariqah) Naqshbandi est une branche de la silsila (chaine initiatique) Khwajagan, qui fut initialement développée dans le Turkestan. Les shaykhs les plus connus parmi les Khwajagan furent Khwaja Ahmed Yasawi (ra) (m. aux environs de 1167), originaire de la région connue aujourd’hui comme la province chinoise du Xinjiang, et Khwaja ‘Abdul Khaliq al-Ghoujdawani de Boukhara (ra) (m. en 1179). Ce dernier créa des termes de signification technique et spirituelle qui sont encore utilisés de nos jours dans tariqah Naqshbandi. Il rendit également les enseignements de l’ordre accessibles et actuels aux gens de son époque.
La tariqah Naqshbandi prit son nom de Khwaja Baha’uddin Naqshband Bukhari (ra) (m. 1389), un éminent shaykh soufi, qui poursuivit le travail qui consistait à rendre les enseignements et les pratiques mieux adaptées à la période changeante au cours de laquelle il vécut. Khwaja Baha’uddin Naqshband fut le disciple et plus tard le successeur (khalifa) d’Amir Kulal. Cependant, il fut également instruit par la ruhaniya (essence spirituelle) de Khwaja ‘Abdul Khaliq al-Ghoujdawani, qui lui transmis la pratique du dhikr khafí (silencieux).
La tariqah Naqshbandi est également connue pour être la seule tariqah soufie dont la lignée (silsila) remonte au prophète Muhammad (saws) par Abu Bakr as-Siddiq (ra), le premier Calife de l’Islam. Toutes les autres confréries soufies remontent au Prophète par Ali ibn Abu-Talib (ra), qui fut le quatrième Calife de l’Islam.