La orden Naqshbandi proviene de la Silsilah Khwajagan, que se desarrolló originalmente en Turquestán. Los Shaykhs más conocidos de Khwajagan fueron Khwajah Ahmed Yasawi (ra) (m. alrededor de 1167 EC), un nativo de Sayram en Kazajstán, y Khwajah ‘Abdul al-Khaliq Ghujdawani de Bukhara (ra) (m. 1179). Este último fue responsable de acuñar ciertos términos con significados técnicos y espirituales que todavía están en uso activo dentro de la tariqah Naqshbandi hasta el día de hoy. También hizo que las enseñanzas de la orden fueran accesibles y relevantes para la gente de su época.

La tariqa Naqshbandi toma su nombre de Khwaja Baha’uddin Naqshband Bukhari (ra) (m. 1389 EC), un Shaykh Sufi muy prominente que continuó la tradición de hacer que las enseñanzas y prácticas espirituales del Sufismo fueran más aplicables a los tiempos cambiantes en los que él vivió. Khwaja Baha’uddin Naqshband fue el estudiante y, más tarde el khalifa (sucesor), de Amir Kulal. Sin embargo, también recibió instrucción del ruhaniya (o ser espiritual) de Khwajah Abdul Khaliq Ghujdawani, quien le dio a Baha’uddin Naqshband la práctica del dhikr silencioso.

La tariqah Naqshbandi es notable por ser la única tariqah Sufi que remonta su linaje al Profeta Muhammad (saw) a través de Abu Bakr as-Siddiq (ra), el primer Califa. Todas las demás tariqahs Sufis trazan su linaje a través de Ali ibn Abu-Talib (ra), quien se convirtió en el cuarto califa del Islam.