A Ordem Naqshbandi originou-se da Silsilah Khwajagan, desenvolvida originalmente no Turquistão. Os Sheykhs mais conhecidos da Khwajagan foram Khwajah Ahmed Yasawi (r.a.) (d. cerca de 1167 E.C.), um nativo da atual província chinesa de Xinjiang, e Khwajah ‘Abdul al-Khaliq Ghujdawani de Bukhara (r.a.) (d. 1179). Este foi responsável pela criação de alguns termos técnicos e espirituais ainda em uso na tariqah Naqshbandi. Ele também tornou os ensinamentos da ordem acessíveis e relevantes às pessoas de sua era.
O nome da ordem Naqshbandi originou-se de Khwaja Baha’uddin Naqshband Bukhari (r.a.) (d. 1389 E.C.), um Sheykh Sufi muito proeminente que continuou a tradição de adaptar os ensinamentos e práticas espirituais do Sufismo às mudanças da época em que vivia. Khwaja Baha’uddin Naqshband foi aluno e depois califa (sucessor) de Amir Kulal. Entretanto, ele também recebeu instruções do ruhaniya (ou ser espiritual) de Khwajah Abdul Khaliq Ghujdawani, que transmitiu à Baha’uddin Naqshband a prática do dhikr silencioso.
A tariqah Naqshbandi é notável por ser a única tariqah Sufi cuja linhagem remonta ao Profeta Mohammed (saws) através de Abu Bakr as-Siddiq (r.a.), o primeiro califa. Todas as outras tariqahs Sufis remontam sua linhagem a Ali ibn Abu-Talib (r.a.), o qual se tornou o quarto Califa do Islã.
