نشأت الطريقة النقشبندية من سلسلة الخواجات التي تطورت في الأصل في تركستان. ومن أشهر شيوخ الخواجات هو الخواجة أحمد ياسوي r (ت: حوالي 1167)، من سكان المدينة المعروفة اليوم باسم محافظة شنجيانغ في الصين، والخواجة عبد الخالق الغُجدواني  البخاري r (ت:1179). صاغ الأخير بعض المفردات الإصطلاحية والتي تحمل معاني روحية خاصة ولا تزال تستخدم حتى اليوم في الطريقة النقشبندية. كما جعل تعاليم هذه الطريقة سهلة الوصول ومتصلة بحياة الناس في العصر الذي عاش فيه.

تأخذ الطريقة النقشبندية اسمها من الخواجة بهاء الدين نقشبند البخاري r (ت:١٣٨٩م)، وهو شيخ صوفي شهير تابع العمل على جعل التعاليم والتمارين الروحية عند الصوفية أكثر قابلية للتطبيق في العصر المتغير الذي عاش فيه. كان الخواجة بهاء الدين نقشبند تلميذًا، ولاحقًا خليفةً، للشيخ أمير كُلال. ومع ذلك، تلقى الخواجة بهاء الدين نقشبند r أيضًا الإرشاد من روحانية الخواجة عبد الخالق الغُجدواني الذي علّمه تمرين الذكر الخفي.

تتميز الطريقة النقشبندية بأنها الطريقة الصوفية الوحيدة التي تمتد بسندها إلى الرسول محمد g عن طريق سيدنا أبي بكر الصديق h، الخليفة الأول. كل الطرق الصوفية الأخرى تمتد بسندها عبر سيدنا علي بن أبي طالب h، الذي كان خليفة المسلمين الرابع.